Le complexe scolaire a été construit en 1963. Actuellement, il compte 2 classes, une grande salle d'ACM, une halle de gymnastique avec une scène, un vestiaire, un local de douches, les bureaux de l'administration communale, une cuisine et une cantine bordant le terrain de football.
Grandfontaine fait partie du cercle scolaire de Haute-Ajoie. Ce cercle compte les villages de Rocourt, Roche d'Or, Damvant, Réclère, Fahy et bien sûr Grandfontaine.
Les deux classes du village comprennent les niveaux de 1P, 2P, 5P et 6P du cercle scolaire de Haute-Ajoie.
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